Suchen, um ein tieferes Verständnis von Krebs, ein team von Forschern an Baylor College of Medicine führte eine umfangreiche computergestützte Analyse der ähnlichkeiten und Unterschiede in der gesamten Reihe von Proteinen, die sogenannten Proteom, der mehr als 500 Krebse aus fünf verschiedenen Gewebe-Websites. Veröffentlicht in der Zeitschrift Nature Communications, die Arbeit führte zu der Klassifizierung der Krebsarten in 10 Subtypen, jeweils einschließlich Krebserkrankungen, die gemeinsamen Proteine, schien daran beteiligt zu sein die Krankheit.
Die Proteom-Analyse bestätigt molekularen Spieler, die beteiligt waren Krebs vor, sondern, was noch wichtiger ist, offenbart andere, die noch nicht erschienen in früheren Analysen auf der Basis von verschiedenen molekularen Komponenten. Die Ergebnisse deuten darauf hin neuartigen molekularen Signalwege angesehen werden, die für die weitere Untersuchung hinsichtlich Ihrer möglichen Beteiligung an Krebs.
„Krebs ist derzeit verstanden nicht als eine einzelne Krankheit, sondern als eine Sammlung von Krankheiten. Krebs kann entstehen durch Veränderungen in verschiedenen molekularen Signalwege, und in dieser Studie haben wir Daten aus dem molekularen profiling-Technologien zu Sortieren, proteinveränderungen, die könnte im Zusammenhang mit Krebs,“ sagte entsprechenden Autor Dr. Chad Creighton, associate professor für Medizin und co-Direktor des Krebs-Bioinformatik im Dan L Duncan Comprehensive Cancer Center am Baylor College of Medicine.
Creighton und seine Kollegen und andere Gruppen haben traditionell näherte molecular profiling durch die Analyse von mRNA-eher als protein-Daten. Die Messenger-RNA (mRNA) ist das genetische material, das tatsächlich in Proteine übersetzt werden.
„Beim Blick auf den mRNA-Daten, es wird davon ausgegangen, dass Sie darstellen, was passiert bei der eigentlichen protein-Ebene, aber dies ist nicht immer der Fall“, Creighton sagte. „Proteine können geändert werden, nachdem Sie synthetisiert werden, zum Beispiel, und dies ist etwas, das den mRNA-Daten nicht zeigen. Dennoch, die meisten Untersuchungen tun nicht erwerben protein-Daten. In der aktuellen Studie haben wir analysiert, die protein-Daten, auf der Suche zu identifizieren molekularen Signalwege, die bisherigen mRNA-Analysen der Daten verpasst haben könnte.“
Creighton und Kollegen arbeiteten mit Daten aus der Klinischen Proteomik Tumor Analysis Consortium (CPTAC), die durchgeführte Proteom-profiling von mehr als 10.000 Proteine in Hunderte von Krebsarten. Sie untersuchte auch, Krebs protein-und mRNA-datasets außerhalb der CPTAC. Insgesamt haben die Forscher analysierten die Daten von mehr als 500 Krebse aus fünf Arten von Krebserkrankungen: Brust -, Dickdarm -, Eierstock -, Nieren und Gebärmutter.
Protein-profiling zeigt potential neue Spieler in der Krebs –
Analyse der protein-Daten führte zu der Klassifizierung der Krebsarten in 10 Subtypen, die jeweils mit einem Satz von protein-Veränderungen. Die Subtypen enthalten mehrere organ-Gewebe-Websites, die gemeinsame verändert molekularer Signalwege. Die Kenntnis der Wege schlägt die mögliche therapeutische Möglichkeiten.
„Wir haben festgestellt, dass viele Untertypen, die wir gefunden hatten, basierend auf mRNA-Beobachtungen, die wir gemacht, bevor gehalten, wenn wir einen Blick auf die protein-Ebene,“ Creighton sagte. „Interessant ist, dass vier dieser 10 Subtypen eigentlich nicht mit den Krebszellen selbst. Sie repräsentieren Unterschiede in der tumor-mikroumgebung, die die Zellen und Gewebe, die Sie umgeben, den tumor, und diese Subtypen sind sehr Verschieden von einander.“
Zwei der vier Subtypen beteiligt immun-Komponenten, die im Zusammenhang mit der tumor-mikroumgebung. Der erste Subtyp immun war gekennzeichnet durch die Anwesenheit von immun-T-Zellen. Die zweite immun-Subtyp, auf der anderen Seite, hob die komplementaktivierung Weg, die ein wichtiger Bestandteil der tumor-Förderung der Entzündung gedacht, um eine Rolle in der Krebs-initiation und-progression. Bisherige Studien scheinen zu übersehen, das Komplement-Signalweg verknüpft ist mit Subtypen.
Eine weitere Neuentdeckung war die Entdeckung von drei Subtypen, die noch nicht identifiziert wurden, die in früheren mRNA-basierten Analysen.
„Einige, die Wege fanden wir im Zusammenhang mit diesen drei Subtypen möglicherweise nicht Häufig im Zusammenhang mit menschlichen Krebserkrankungen, sondern links zu Ihnen gefunden wurden,“ Creighton sagte. „Ein Subtyp beteiligt, der Golgi-Apparat der Zelle. Berichte verlinkt haben, Golgi-malignen transformation, zum Beispiel. Ein weiterer Subtyp, der speziellen Nieren-Karzinom, wurde im Zusammenhang mit Hämoglobin erhöht. Schließlich, der Dritte Subtyp beteiligt endoplasmatischen Retikulum, einem intrazellulären Komponente.“