Genomische tracking zeigt Aufstieg und fall von COVID-19 in der Provinz Guangdong

Eine neue Studie führte durch Forscher in Oxford und Guangdong Centre for Diseases Control and Prevention beschreibt die Epidemiologie und genetische make-up der COVID-19-Ausbruch in China das bevölkerungsreichste region, und zeigt, wie früh und intensiv testen und Ablaufverfolgung geholfen zu unterbrechen, lokalen übertragung des virus.

Die Studie verbindet die Genom-Sequenzierung und Epidemiologie zu offenbaren drei Phasen der Ausbruch in der Provinz Guangdong, China, im Januar und Februar dieses Jahres: die Einführung der neuen Fälle in der Provinz Guangdong aus anderen chinesischen Provinzen, die Aufstieg und fall von lokalen übertragung in Guangdong, und schließlich der import von neuen Fällen in der Provinz Guangdong von internationalen Reisenden. Die Epidemie in Guangdong die zweitgrößte in China, außer für Hubei, Wuhan, wo befindet.

In Guangdong, einer region, die von >100 Millionen Menschen, die Prüfung war schnell mobilisiert. Von 19. März insgesamt 1,6 Millionen tests für COVID-19 identifiziert hatte 1,388 positiven Fällen. Eine verstärkte überwachung begann Ende Januar hat genau zu überwachen alle Reisenden Rückkehr aus Hubei und anderen Provinzen erleben Ausbrüchen, Ihre Kontakte schließen, und alle hospitalisierten Patienten in den Kliniken, auch wenn Sie nicht über Symptome und keine bekannten Exposition zu infizierten Personen.

Die Analyse von genomen generiert aus infizierten Individuen, die Forscher feststellen, dass der Ausbruch in der Provinz Guangdong wurde nicht verursacht durch eine große Kette der übertragung, aber stattdessen gab es Hunderte von unabhängigen Einführungen von außerhalb der Provinz. Lokal übertragene Ketten der Infektion sind durch Ihre genetische Informationen beschränkt werden, die in Größe und Dauer. Dieses, sagen die Forscher, zeigt, dass das screening und Interventionen umgesetzt in Guangdong waren wirksam bei der Unterbrechung der lokalen übertragung des virus.

Die Studie zeigt auch, dass das Genom des SARS-CoV-2 (das virus, das bewirkt, dass COVID-19) schnell sein könnte sequenziert und analysiert in nahe-Echtzeit. Aufgrund der Geschwindigkeit und der Natur dieser Ausbruch, verschiedene experimentelle Ansätze wurden versucht. Gute Ergebnisse wurden mit dem handheld-MinION-sequencing-Gerät (entwickelt von Oxford Nanopore Technologies) und ein sequencing-Protokoll, entwickelt von der ARTIC-Netzwerk.

Die Autoren sind überzeugt, dass dieser Ansatz zur Erforschung der frühen COVID-19-Epidemie in China ausgebaut werden kann-und angewendet werden auf andere COVID-19-Ausbrüche weltweit.

Senior-Autor Professor Oliver Pybus von der Abteilung für Zoologie und der Oxford Martin School und anderen Autoren sind nun die wichtigsten Mitglieder der COVID-19 Genomik-britische Konsortium. Dieses Konsortium hat bereits sequenzierten >3000 Genome von Großbritannien und analysieren Sie, um die übertragung und um zu verstehen, wie das virus entwickelt sich weiter.

Professor Oliver Pybus, sagt: „Wir wissen bereits, dass änderungen an der COVID-19-Genom akkumulieren langsamer als bei anderen Viren, wie influenza. Dies bedeutet, dass die COVID-19-virus ist in Bewegung und die übertragung schneller, als es mutiert. So ist es entscheidend zu analysieren, um die virus Genome in Kombination mit detaillierten epidemiologischen Informationen, das ist, was wir erreicht haben in dieser Studie.“

Vorwärts gehend, diese genomischen Daten wird nicht nur verwendet werden, um zu verstehen, wie das virus breitet sich unter den Standorten, es wird auch verwendet, um zu verfolgen die verschiedenen virus-genetische variation, wissen, das ist wichtig für Forscher, die an Impfstoffen und antiviralen Medikamenten.