Mit CRISPR/Cas9 ko-Bildschirmen ein multi-institutional research-team systematisch verhört die essenzialität von mehr als 10.000 forkhead box protein A1 (FOXA1) und CTCF-Bindungsstellen im Brust-und Prostata-Krebszellen, zupfen nützlich Nadeln aus einem massiven Genom-Heuhaufen, die enthält Millionen von transcription factor binding sites. Sie fanden heraus, dass wesentliche FOXA1-Bindungsstellen fungieren als Geschmacksverstärker zu orchestrieren, die expression von in der Nähe essentiellen Gene, berichtet das team. Nov. 11, 2019, in PNAS.
„Neunundneunzig Prozent des menschlichen Genoms aus nicht-kodierenden DNA, die zuvor als,, junk“, sagt Wei Li, Ph. D., ein principal investigator im Zentrum für Genetische Medizin die Forschung an Kinder National Hospital, und co-lead-Autor der Studie. „Wir wissen jetzt, dass die nicht-kodierenden Regionen des Genoms kann eine wichtige Rolle in vielen biologischen Funktionen, einschließlich Wachstum von Krebszellen. Das problem ist es war kein guter Weg, um herauszufinden, welche unter den Millionen von Kandidaten sind wichtig in der Biologie von Krebs.“
Während die bisherigen Techniken verhört ein paar hundert nicht-kodierenden genomischen Regionen,, Li, sagt, Ihr team war in der Lage zu testen, mehr als 10.000 Seiten in einem einzigen experiment.
Insgesamt fand das team 37 FOXA1-Bindungsstellen in T47D-Zellen essentiell sind, darunter 29 starke FOXA1-Bindungsstellen und acht Bindungsstellen in der Nähe von essentieller Gene. Das enthält östrogen-rezeptor-1, der „Meister Transkriptionsfaktor für ER-Brustkrebs-Zellen,“ und TRPS1, ein weiterer Transkriptionsfaktor, der im Zusammenhang mit ER-Brustkrebs-progression, die Forschungs-team schreibt.
Li sagt der spannendste Teil der Arbeit ist die machine-learning-Modell, das Sie entwickelt, um vorherzusagen, welche potentiellen Transkriptionsfaktoren Bindungsstellen am wichtigsten sind, woraus sich klinisch relevante Informationen, die in der Zukunft helfen kann, Patienten.