Unbekannte genetische variation in der Forschung Maus-Modelle können Auswirkungen auf Immunzellen

Congenic Maus-Stämme, die seit Jahrzehnten in der Immunologie-Forschung und angenommen zu werden, die genetisch identisch sind, die außerhalb der marker—locus-wurden gefunden, um enthalten bisher unbekannte genetische variation, Universität von Alabama an Birmingham-Forscher berichtet in einer Studie, veröffentlicht in der Fachzeitschrift Immunity.

Ein team unter Leitung von Immunologen Amy Weinmann, Ph. D., und der erste Autor Danielle Chisolm, Ph. D., Weinmann ist der ehemalige Diplom-student, jetzt ein postdoctoral fellow an den National Institutes of Health, entdeckt diese genetische variation nach der Experimente auf die Effekte von mikrobiellen Metaboliten auf T-Zellen gab widersprüchliche Daten und aufgefordert, die bohrenden Fragen.

„Wir realisiert, dass eine unbekannte experimentelle variable hat auf die interpretation unserer Ergebnisse“, sagt Weinmann, professor in der UAB-Abteilung von Mikrobiologie. „An diesem Punkt, verlagerten wir unseren Fokus auf die Ermittlung, dass die unbekannte variable. Wenn Sie denken, dass die Forschung als ein puzzle, erreichten wir einen Punkt, wo wir wussten, dass wir fehlten ein Schlüssel puzzle-Stück, und wir konnten nicht weiter, ohne erste Suche nach dem fehlenden Stück.“

Um die Antwort zu finden, die UAB-Forscher angepasst bestehenden informatik-tools und entwickelt eine neue Strategie zum identifizieren von Regionen des Genoms, die abweichen von den allgemein verwendetsten Maus der genetische hintergrund. Ihre neuen Ansätze werden den Forschern helfen zu identifizieren und zu definieren genetischen Variationen zwischen den Stämmen von Mäusen, in der chromosomalen Bereiche von Interesse.

In der Studie, Weinmann und Kollegen analysiert verschiedene Maus-Stämme angenommen, dass genetisch identische außerhalb der gen-marker locus CD45. Zu Ihrer überraschung fanden Sie große Regionen des Genoms enthalten die genetische variation. Dieser zeigte, dass die genetischen Inhalt in diesen Häufig verwendete Maus-Stämme möglicherweise nicht das, was Forscher schon lange vermutet, und dies könnte Auswirkungen Interpretationen der Daten generiert aus diesen Maus-Modellen.

„Die Unterschiede enthalten, Regionen umfasst Gene von immunologischer Bedeutung bei der immun-Zell-homing, T-Zell-Erschöpfung -, T-und B-Zell-Differenzierung und der angeborenen Immunabwehr,“ Weinmann sagte. Zudem ist die Anzahl und Lage der variation im genetischen material rund um das gen für CD45 sich herausstellte, unterscheiden sich zwischen den Stämmen verkauft, die von drei großen Anbietern der Mäuse für die biomedizinische Forschung. Daher, die Auswirkungen der UAB-Studie erreicht, auch außerhalb Ihrer ursprünglichen Experimenten mit dem mikrobiom, und es hat alarmiert Forscher anhand von Maus-Modellen, um eine unerwartete variable in Ihren Experimenten.

Die Studie liefert somit wertvolle Informationen für die Forscher etwa den genetischen Inhalt von Maus-Modellen weit verbreitet in der Immunologie-Forschung. Wichtig ist, es bietet auch eine neue Strategie, die Forscher verwenden können, um die Gebiete festzulegen, in der mit der genetischen variation in eine beliebige Maus-Modell.

Die National Institutes of Health betont die Bedeutung von Präzision und Reproduzierbarkeit in der Forschung Studien, und dies UAB Befund wirft ein Licht auf eine experimentelle variable, die zuvor gegangen sind unbekannte in der Immunologie-Forschung. Das deutet darauf hin, dass die genauen Sorten und Quellen von Mäusen müssen gemeldet werden, in allen Studien, und die Forscher müssen design-Experimente mit diesen genetischen Variablen in den Sinn.

Weinmann und Chisolm verglich Ihre Verschiebung in der Forschung der Fokus auf eine problematische jigsaw puzzle.

„Wenn Sie beginnen mit einer box von puzzle-Stücke, Sie davon ausgehen, dass die Stücke in das puzzle wird das Bild auf dem cover der box,“ Weinmann sagte. „Aber was passiert, wenn die Stücke in der box sind ein anderes puzzle?“

„Als wir dieses Projekt starteten, dachten wir, wir stellen gemeinsam ein Bild von Metaboliten, Zellen des Immunsystems und das mikrobiom. Nachdem wir jedoch erkannt, alle puzzle-Teile in unserem Feld, wir waren eigentlich auf der Suche auf ein Bild der genetischen Vielfalt.“